Einzelnukleotid-Polymorphismus (SNP)

Ein Einzelnukleotid-Polymorphismus (SNP, ausgesprochen wie englisch „snip") ist eine Keimbahnvariation an einer einzelnen Basenposition, an der zwei oder mehr Nukleotid-Allele mit über 1 % Häufigkeit in der Bevölkerung auftreten. Das menschliche Genom enthält schätzungsweise 4–5 Millionen häufige SNPs — im Mittel einen pro 500–1.000 Basenpaare — die in Großstudien mit Mikroarrays genotypisiert werden. SNPs bilden die wichtigste Marker-Klasse in genomweiten Assoziationsstudien (GWAS), bei denen Hunderttausende Varianten auf Zusammenhänge mit Krankheiten oder Phänotypen in Zehntausenden bis Hunderttausenden Teilnehmenden getestet werden — ein statistischer Scan, kein mechanistischer Kausalitätsnachweis. Da benachbarte SNPs im Kopplungsungleichgewicht (Linkage Disequilibrium, LD) stehen, kann ein einzelner Tag-SNP einen gesamten Haplotyp abdecken, was Genotypisierungskosten senkt — belegt durch die Phase-II-HapMap (Frazer et al., 2007). In der Altersforschung aggregieren häufige SNPs zu polygenen Risikoscores, die einen messbaren Anteil der Lebensspannenvarianz erklären; Yashin et al. (2012) identifizierten 27 SNPs mit konsistent additiven Effekten auf die Lebensspanne über unabhängige Kohorten, die auf Zellwachstums-, Apoptose- und weitere Signalwege hinweisen. SNPs unterscheiden sich von seltenen Varianten (Minorallel-Häufigkeit unter 1 %), die auf GWAS-Arrays weitgehend unsichtbar bleiben und besser durch Ganz-Genom- oder Exom-Sequenzierung erfasst werden; ob sie die nicht durch häufige SNPs erklärte Heritabilität („fehlende Heritabilität") ausmachen, ist noch offen.